名古屋大学大学院工学研究科 応用物質化学専攻 理論計算化学分野 岡崎研究室

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Ⅳ.ソフト開発

1. 高並列汎用分子動力学シミュレーションソフト MODYLAS

スパコンプロジェクトの一環として、分子動力学法の汎用ソフトの開発も行っています。これは、8万ノード並列、64万コアという巨大なスパコンをフルに使って分子動力学計算を行うことができるようにするものです。この作業はひとつの研究室でできるものではなく、情報工学の人たちやスパコンを開発している企業の人たちとも連携をとりながら開発を進めています。その中で、私たちの研究室ではソフトの全体構成を設計し、基本形となるプログラムの開発と超並列計算に適応した方法論、アルゴリズムの開発を担当しています。その結果、世界最高レベルの計算速度を実現し、さらなる改良や機能拡充に取り組んでいます。最近一般公開しました。 www.modylas.org

神戸ポートアイランドに建設された平成24年度完成の京コンピュータ(富士通資料より)。8万ノード、64万コアで構成。並列度としては64万台のパソコンを同時に稼働させるのと同等ですが、演算性能、通信性能はそれよりもはるかに優れています。

2. 初期構造生成ツール NANO-IGNITION

タンパク質などの複雑な分子構造をデータベースから出発し、上記のMODYLASを含めた科学技術用の計算化学ソフトウェアのための入力ファイル生成支援のためのソフトウェアの開発を行っています。これを用いることにより、対象とする分子に対して自動的に溶媒などの環境を生成したり力場パラメータを割り振ることができます。このソフトはすでに分子研の計算機センターに登録されており、フリーソフトウェアとして一般公開されています。基本的な動作には問題はありませんが、使い勝手は今少し改善が必要かもしれません。現在も改良中ですが、ボランティア的な意味も含めてお使い下さればと思っています。

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